航海学院重视校企合作，依托学院产学研合作平台，成立了各“专业发展指导委员会”，实施政、校、企“531工程”（五参与三服务一联合模式）：政府相关部门、企业参与人才培养方案的修订和论证；参与本、专科学生各类实习、毕业论文指导及接收毕业生；参与硕士研究生培养；参与大课堂教学、讲座；参与年轻专业教师培养，学校选派教师到合作企业进行人才培训服务、高新技术服务及企业管理服务。最后校企联合培训各类人才，形成学校服务企业，政府和企业指导办学的长效合作机制。

目前，学院与威海海事局、威海港集团有限公司、山东海运股份有限公司、上海泰华船舶管理公司等20余家机关、企业单位建立了合作办学机制。